といっても最近あまりゲームのたぐいはしなくなってきたのですが、たまに3Dのベンチマーク(Direct3D利用の全画面表示)を走らせてみたりするときに、アプリケーションが起動した直後に、勝手に最小化されてしまい、何度タスクバーから選択しても操作不能となることがあります。ドライバを更新したり、画面解像度を変えてみたり、いろいろ試してみた末のウチの環境での結論は。。。
SkypeやMSNメッセンジャーが常駐していると発生
どちらもウィンドウを前面表示する機能を持つ常駐ソフトです。さらにSkype,MSNメッセンジャーはウィンドウを前面表示するだけじゃなくアプリケーション自体も前面に押し出しているのかもしれません。現状ではSkype,MSNメッセンジャーを終了させることが対処法ですが、それらソフトウェアの設定でどうにかなったりしたらまた追記します。
おそらくSkypeやMSNメッセンジャーに限らず同様の動作をする常駐アプリケーションというのは存在するとも割れるので、全画面表示のゲームが最小化されてしまうという方は常駐アプリケーションを疑ってみてはいかがでしょうか。